Shim-Pack色谱柱清洗的溶剂选择： 阳离子交换柱可用稀酸缓冲液冲洗，阴离子交换柱可用稀碱缓冲液冲洗，除去交换性能强的盐，然后用水、甲醇、二氯甲烷(除去吸附在固定相表面的有机物)、甲醇、水依次冲洗。保存色谱柱时应将柱内充满乙腈或甲醇，柱接头要拧紧，防止溶剂挥发干燥。禁止将缓冲溶液留在柱内静置过夜或更长时间。
色谱柱使用过程中，如果压力升高，一种可能是烧结滤片被堵塞，这时应更换滤片或将其取出进行清洗;另一种可能是大分子进入柱内，使柱头被污染;如果柱效降低或色谱峰变形，则可能柱头出现塌陷，死体积增大。在后两种情况发生时，小心拧开柱接头，用洁净小钢将柱头填料取出1~2mm高度(注意把被污染填料取净)再把柱内填料整平。然后用适当溶剂湿润的固定相(与柱内相同)填满色谱柱，压平，再拧紧柱接头。这样处理后柱效能得到改善，但是很难恢复到新柱的水平。
在选择Shim-Pack色谱柱之前，需要先了解样品和杂质的类型结构、极性、酸碱性、分子量大小等等。
1.样品是极性的且弱酸性的;就可以选择C18在酸性水溶液条件下检测，即要选择承受100%纯水且对极性化合物保留很好的色谱柱
2. 如果样品极性太强，或酸性太强;可以选择CN，NH2，或硅胶柱，亲水色谱，也有使用C18+强阴离子对试剂或强阴离子交换色谱柱(缺点是离子对试剂平衡时间长，对流动相pH要求比较精密，否 则很难重复实验，另外离子对试剂很难洗下来，基本上用了离子对的色谱柱就不能再用于其它实验)
3. 若样品是碱性的;可选择高纯硅胶柱或一些经过修饰的C18柱，他们都会减少碱性化合物的拖尾，一般会选择中性或偏碱的条件下做，因为这样可增加碱性样品的保留
4.如果碱性化合物的极性太强，或碱性太强;可以选择宽pH的C18色谱柱在高pH值检测或者选用HILIC色谱柱选择强离子交换柱，也有使用强阴离子对试剂或强阴离子交换色谱柱。
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